Akutna oboljenja muških spolnih organa, ako se ne liječe, lako poprimaju kronični oblik. Bolesti mokraćnog sustava u muškaraca se, za razliku od žena, javljaju u manjem broju, no teže se dijagnosticiraju i sporije liječe.

Balanitis - radi se o upali glavića, a postitis je upala unutarnjeg dijela prepucija, odnosno kože koja štiti glavić. Često su zahvaćene obje strukture te govorimo o balanopostitisu. Balanitis je jedna od najučestalijih tegoba zbog kojih muškarci odlaze dermatovenerologu. Uzroci su brojni i različiti: loša higijena, infekcija, trauma, kontaktna alergija, dermatoze, maligne i reumatske bolesti. Balanitis se očituje svrbežom i iritacijama, crvenilom, oteklinom i nakupljanjem sekreta.

Fraktura penisa - iznenadna tupa trauma ili naglo savijanje penisa u erekciji mogu dovesti do pucanja stanjene membrane koja okružuje kavernozna tijela penisa. Moze puknuti jedno ili oba kavernozna tijela te mokraćna cijev. U trećini slučajeva prijelom penisa nastaje tijekom vaginalnog spolnog odnosa - penis na izlasku iz vagine udari u međicu ili stidnu kost žene; u ovom slučaju žena je najčešće u dominantnom seksualnom položaju. Drugi potencijalni uzroci su industrijske nesreće, masturbacija, ozljeda vatrenim oružjem ili bilo koja druga trauma koja uzrokuje nasilno savijanje penisa u erekciji.

Nespecifični uretritis - upala mokraćne cijevi tj. cijevi koja vodi od mokraćnog mjehura do izlaza iz tijela. Kod muškaraca je uretritis općenito rezultat infekcije uzrokovane bolešću koja se prenosi spolnim kontaktom. Iako mnogo godina uzročnik bolesti nije bio poznat zbog tehničkih poteškoća u izoliranju i identificiranju mikroorganizma (odatle i naziv bolesti). Prema suvremenim laboratorijskim pretragama, oko 45% slučajeva nespecifičnog uretritisa uzrokuje bakterija koja se zove Chlamvdia trachomatis iako vjerojatno ima i drugih, uzročnika ove bolesti.

Peyronieva bolest - bolest uzrokuje zakrivljenost ili promjene anatomije penisa, a posljedica je često nemogućnost erekcije i/ili penetracije. Češći su simptomi: bol pri erekciji, zakrivljenost penisa, gubitak kvalitete erekcije, skraćenje penisa ili smanjenje njegove debljine, nemogućnost održavanja erekcije i jedan ili više malih čvorova ispod kože penisa. Ponekad je protok krvi kroz penis smanjen i onemogućuje nadimanje penisa. Kad se ovo dogodi, penetracija je otežana ili nemoguća. Peyronieva bolest pogađa muškarce u dobi od 20 - 80 godina. Ponekad je povezana sa šećernom bolesti ili posljedica umetanja katetera u mokraćnu cijev, ozljeda spolno-mokraćnog sustava, prijeloma zdjelice, a u zadnje je vrijeme učestala u mladih muškaraca pod visokim stresom.

Fimoza - radi se o suženju kožice penisa (prepucija), zbog čega se kožica ne može prevući preko glavića penisa (glansa). Naziv dolazi od grčke riječi phimos, a označava stanje koje može biti urođeno ili stečeno. Fimoza može biti bolest kod odraslih muškaraca, ili normalni stadij u razvoju, tzv. fiziološka fimoza.

Povećana prostata - spomenuta žlijezda sadrži tekućinu, koja obogaćuje spermu, nalazi se blizu uretra, dakle blizu cjevčice koja vodi urin od mjehura do vrha penisa. Kada dođe do povećanja prostate, kako se kaže do porasta žlijezde, mokraćovod može postati vrlo začepljen, jer povećana žlijezda pritišće mokraćnu cijev, i zato neki muškarci mogu imati zahvaljujući promjenama svoje prostate tegobe pri uriniranju.